Szkoła jako Zespół Szkół istnieje od 2003 roku. Powstała w wyniku połączenia dwóch szkół:

SZKOŁY  PODSTAWOWEJ im. JANA PAWŁA II

GIMNAZJUM

Gimnazjum utworzono przy Zespole Szkół w Cyganach na mocy uchwały Rady Miejskiej w Nowej Dębie z dnia 24.04.2003 r.